Републички секретаријат за вјере основан је 2002. године као републичка управна организација у оквиру Министарства просвјете и културе Републике Српске, када је у складу са Законом о министарствима престало да постоји Министарство вјера. Овом трансформацијом није се промијенила дјелатност нити могућности активног и квалитетног дјеловања на пољу координације односа извршне власти и цркава и вјерских заједница у Републици Српској.

У том смислу запажена је активност на припреми и усвајању Закона о слободи вјере и правном положају цркава и вјерских заједница у БиХ  2004, потписивање Уговора БиХ са Светом столицом 2006, као и потписивање Уговора БиХ са Српском православном црквом 2008. године.

Значајну улогу Секретаријат остварује у координацији између надлежних министарстава и образовних установа чији су оснивачи цркве и вјерске заједнице а то су: Православни богословски факултет „Свети Василије Острошки“ и Богословија „Свети Петар Дабробосански“ у Фочи, Католички школски центар „Бл. Иван Мерз“ и медреса „Реис Ибрахим еф. Маглајлић“ у Бањој Луци.

Секретаријат од 2018. проводи Пројекат обиљежавања 800 година Српске православне цркве. Одржане су многобројне свечане академије, научни скупови и трибине, концерти, изложбе и тематска предавања а пригодно обиљежавање организовано је у основним и средњим школама, као и на високошколским установама у Српској.

Подржано је више од стотину истраживања и штампања књига које се по својој вриједности сматрају капиталним издањима: доштампавање четворотомне књиге „Горажданска штампарија 1519-1523“, петотомна монографија Епархије захумско-херцеговачке, превод сарајевског издања „Законоправила Светог Саве“, „Свети Сава - апостол Срба“ итд. Одржане су многобројне музичке свечаности и подржана концертна и студијска издања из историје српског народа, историјске и православне цркве.

Пројектом је предвиђено систематско и свеобухватно евидентирање, рестаурација, конзервација, научна обрада и презентација покретног културно-историјског насљеђа српског народа и Српске православне цркве у Републици Српској и Федерацији БиХ. Ту се, прије свега, подразумијева иконописно насљеђе, старе рукописне и штампане књиге, петстогодишњица Горажданске штампарије, те отварање музеја Српске православне цркве.  (више о Секретаријату)