Републички секретаријат за вјере основан је 2002. као републичка управна организација у оквиру Министарства просвјете и културе Републике Српске, када је у складу са Законом о министарствима („Службени гласник Републике Српске“ број 70/02) престало да постоји Министарство вјера. 

Овом трансформацијом није се промијенила могућност квалитетног дјеловања на пољу координације односа извршне власти и цркава и вјерских заједница у Републици Српској. Запажена је активност на припреми и усвајању Закона о слободи вјере и правном положају цркава и вјерских заједница у БиХ  2004, потписивање Уговора БиХ са Светом столицом 2006, као и потписивање Уговора БиХ са Српском православном црквом 2008. године.

Секретаријат остварује координацију између надлежних министарстава и образовних установа чији су оснивачи цркве и вјерске заједнице: Православни богословски факултет „Свети Василије Острошки“ и Богословија „Свети Петар Дабробосански“ у Фочи, Католички школски центар „Бл. Иван Мерз“ и медреса „Реис Ибрахим еф. Маглајлић“ у Бањој Луци.

Секретаријат је координирао и активно учествовао у организацији међународних годишњих конференција „Међународни фонд јединства православних народа“ са учешћем представника власти и православних цркава (у Бањој Луци и Требињу). Посебна пажња поклањана је сусретима са водећим личностима цркава и вјерских заједница, као што су српски патријарси господин Павле, Иринеј и Порфирије, римски папа Јован Павле II приликом његове посјете Бањој Луци 2003, те реису-л-улема господин Церић и Кавазовић. Директор Секретаријата је 2014. примљен у Москви од стране Патријарха московског и цијеле Русије господина Кирила.

Републички секретаријат за вјере од 2018. проводи Пројекат обиљежавања 800 година Српске православне цркве, у оквиру којег су одржане бројне свечане академије, научни скупови и трибине, концерти, изложбе и тематска предавања а пригодно обиљежавање организовано је у основним и средњим школама, као и на високошколским установама. Подржано је више од стотину истраживања и штампање књига које се по својој вриједности сматрају капиталним издањима: доштампавања четворотомне књиге „Горажданска штампарија 1519-1523“, петотомна монографија Епархије захумско-херцеговачке, превод сарајевског издања „Законоправила Светог Саве“, „Свети Сава - апостол Срба“ итд. Одржане су бројне музичке свечаности и подржана концертна и студијска издања из историје српског народа и православне цркве.

Пројектом је предвиђено систематско и свеобухватно евидентирање, рестаурација, конзервација, научна обрада и презентација покретног културно-историјског насљеђа српског народа и Српске православне цркве у Републици Српској и Федерацији БиХ. Ту се, прије свега, подразумијева иконописно насљеђе, старе рукописне и штампане књиге, петстогодишњица Горажданске штампарије, те отварање музеја Српске православне цркве.  Током 2019. и 2020. године отворени су музеји у манастиру Житомислић и Гомионица а у припреми је музеј у Епархијском двору у Бијељини и музеј српске штампе у Источном Горажду. Започета је рестаурација једне од најзначајнијих икона у Српској православној цркви - Чајничке Богородице, те рестаурација рукописних књига из манастира Гомионица.